
en). Ehnaton és utódja, a rövid életű Szemenhkaré halála után a királyi család egyetlen életben maradt férfi tagjaként Tutanhaton lett a fáraó, és feleségül vette Ehnaton harmadik lányát, Anheszenpaatont. Fiatal kora miatt Tutanhaton helyett a királyi család egyik idősebb tagja, Ay (Tije királyné testvére), valamint a hadsereg vezetője, Horemheb tábornok tartotta kezében a hatalmat. Horemheb volt a régens, ami többek között azt is jelentette, a fáraó őt jelölte ki utódjának arra az esetre, ha gyermektelenül hal meg. Tutanhaton és Anheszenpaaton még az első években megváltoztatták nevüket Tutankhamonra és Anheszenamonra – ez is a jogaiba visszaállított régi főisten, Ámon tiszteletét tükrözte. A fáraó nevéhez hozzákerült a „déli Héliopolisz uralkodója” cím is, ami Ámon kultuszközpontjára, Karnakra utalt. A királyi székhely Ahet-Atonból Memphiszbe került, Théba pedig újra az ország vallási fővárosa lett. Ahet-Atont valószínűleg Horemheb javaslatára hagyták el, mert később ún. koronázási feliratán beszámol róla, hogy ő javasolta a költözést, amikor „kitört a zűrzavar a palotában”. Az udvart már Tutankhamon uralkodása legelején elköltöztethették – egyrészt, mivel az Ahet-Atonban fellelt, ún. Amarna-levelek közül csak egy szólt bizonyíthatóan neki, másrészt első ediktumát, a Restaurációs sztélére vésett nyilatkozatot a fáraó már Memphiszben adta ki, ahol az I. Thotmesz által építtetett palota együttesben lakott. (A memphiszi palotát időnként Ehnaton is használhatta, mert 1916-ban megtalálták ott Nofertiti egy szobrának fejét, de nem ez az épület volt a fő rezidenciája). Újra megnyitották a városhoz tartozó szakkarai temetőt is, és több fontos tisztségviselő, köztük Horemheb és Maja itt építtetett sírt. Horemheb és Ay irányítása alatt a hivatalos kultuszokban az uralkodók visszatértek a régi istenek tiszteletéhez. A kor legfontosabb dokumentuma az ún. Restaurációs sztélé, amit Karnakban állítottak fel. A Tutankhamon uralkodásának első évére keltezett sztélé beszámol arról, hogy az Amarna-kor után helyreállították a régi hitet: az elhanyagolt templomokat az egész országban felújíttatták és ellátták mindennel; a papok visszakapták régi kiváltságaikat, új papokat neveztek ki. Mindehhe
z a korábban az Aton-templomokhoz befolyt adóra is szükség volt. Ezt Maja kincstárnok vezetésével hajtották be; ő volt a felelős azért is, hogy Thébában, majd Ahet-Atonban is elkezdték Ehnaton építményeinek bontását, többek közt a karnaki Gempaaton-komplexumot is. Tutankhamon uralkodása alatt Egyiptom kezdett újra több figyelmet fordított a külügyekre. Horemheb valószínűleg már az első években harcolt az egyre erősödő hettitákkal, mert ebben az időben díszített memphiszi sírjának egy felirata megemlíti, hogy nevét a hettiták földjén is ismerték. A hatalmi egyensúlyon azonban nem sikerült változtatnia: Egyiptom megtartotta ugyan a vazallus Palesztinát és Libanont, de a hettita feljegyzések Amka elfoglalásáról számolnak be. Az egyiptomiak válaszul elfoglalták Kádest és lázadást szítottak a hettita függőség alatt álló déli területeken, de a hettiták már a következő évben visszafoglalták elvesztett területeiket. Núbiában viszont Egyiptomnak sikerült megerősítenie a hatalmát. Uralkodása utolsó éveiben maga a fáraó is részt vehetett valamelyik hadjáratban; az is elképzelhető, hogy egy csatában szerzett sebébe halt bele.
Uralkodásának tizedik évében a fiatal fáraó elhunyt. Halálának okáról számos feltételezés született, melyek nagy része a múmián található sérülések természetéből fakad: felvetették, hogy a fáraó esetleg gyilkosság áldozata lett, de a 2005-ben elvégzett vizsgálatok alapján
halálát csonttörés következményei okozták. A 2008 és 2010 között elvégzett vizsgálatok azt is megerősítették, hogy maláriában szenvedett, ami hozzájárulhatott halálához. Német tudósok szerint viszont sarlósejtes anémiában (vérszegénységben) hunyt el. A dinasztia Tutankhamonnal férfiágon kihalt, feleségével, Anheszenamonnal pedig leányágon is. Élő gyermekeik nem születtek, csak két koraszülött leánycsecsemőről tudunk, akiknek bebalzsamozott testét megtalálták apjuk sírjában. Egyikük a terhesség 4., másikuk a 7. hónapjában születhetett holtan. Korábban Christiane Desroches Noblecourt feltételezte, hogy az újjászületéssel kapcsolatos vallási szempontból helyeztek két magzatot – nem feltétlenül az elhunyt király gyermekeit – a sírba, de a 2008-as DNS-vizsgálatok megerősítik, hogy Tutankhamon gyermekei voltak.
Nincs adat arról, hogy a királyi dinasztia közvetlen leszármazottjai közül bárki is élt volna még. Elképzelhető, hogy Anheszenamon férje halála után tett egy sikertelen kísérletet arra, hogy a Hettita Birodalommal szövetkezve megtartsa a hatalmat. Ezután Ay ült a trónra, annak ellenére, hogy a jelek arra mutatnak, Tutankhamon Horemhebet szánta örökösének arra az esetre, ha utód nélkül hal meg. Horemheb csak négy évvel később, Ay halála után lépett trónra, és a III. Amenhotepet követő négy fáraó emlékét – köztük Tutankhamonét is – igyekezett kitörölni az emlékezetből, felirataikat eltüntette, uralkodási éveiket a királylistákon a sajátjához adta hozzá. Ez az évezredeken át tartó elfeledettség is hozzájárulhatott ahhoz, hogy Tutankhamon sírját kifosztatlanul találták meg a 20. század elején.
